Coupigny es designado Cuartel Maestre General del V Ejército, que debe frenar en Torres Vedras (Portugal) el avance francés. Otra vez, San Martín es su Ayudante. 

Llegan a Lisboa, y de allí vuelven a Cádiz. Coupigny es designado General en Jefe del II Ejército y, una vez más, San Martín su Ayudante.

Con la Península ocupada en su mayor parte por Napoleón, y ante el temor de que el Emperador intente pasar a América, San Martín y otros españoles de origen americano ponen sus ojos en sus tierras de origen. En ellas han empezado a formarse, a nombre de Fernando VII, Juntas similares a las de la Península.

En diciembre renuncia el Secretario de la Junta porteña, Mariano Moreno. Se forma la Junta Grande, que incorpora a diputados del interior.