Godoy advierte que Napoleón lo ha engañado.  Hace que el Rey y su familia abandonen Madrid y  se refugien, junto con él,  en el Palacio de Aranjuez, unos 50 kilómetros al sur de la capital. Su propósito es que la corte marche cuanto antes a Sevilla, y de allí siga viaje a México, para establecer allá una corte en el exilio. Algo similar a lo que ha hecho Juan VI de Portugal, quien se encuentra en Río de Janeiro.
El pueblo, descontento, asalta el Palacio, pretende linchar a Godoy y obliga a que el Rey abdique en favor de su hijo, Fernando VII.  Es el llamado “motín de Aranjuez”.

Semanas más tarde, los franceses se apoderan de Madrid. El jefe invasor, General Joaquín Murat, declara nula la abdicación de Carlos IV y obliga a que éste concurra junto con Fernando VII a Bayona, Francia (cerca de la frontera con España), donde Napoleón ejercerá una “mediación”, a fin de normalizar la situación del trono. Allí, en el castillo de Marracq, el Emperador hace que Carlos y Fernando le cedan sus respectivos derechos reales, luego de lo cual el trono de España e Indias es entregado al hermano del Emperador, quien reinará con el nombre de José I.

El pueblo de Madrid se rebela el 2 de mayo contra los invasores. La rebeldía es brutalmente reprimida. Goya testimoniará los juicios sumarios:

La rebelión se extiende por toda la Península. Comienza así la Guerra de la Independencia Española (contra el invasor francés). En distintos sitios se forman Juntas provisionales de gobierno, en nombre de los Borbones y contra la ocupación napoleónica.

Un motín popular asesina en Cádiz al General Solano. Se lo suponía, equivocadamente, un aliado de los franceses.  La turba también quiere matar a San Martín, edecán de Solano, pero el Coronel Juan de la Cruz Murgeón, jefe del regimiento de Murcia, lo salva ocultándolo en su casa.

Capitán Agregado al Regimiento de Caballería de Borbón,  San Martín comienza a participar activamente en la guerra contra Napoleón.

 Se destaca por su  coraje en el combate de la Posta de Arjonilla (Andújar), así como por la acción de Cuesta del Madero y, sobre todo, en la batalla de Bailén, el 19 de julio, bajo el mando del Mariscal de Campo Marqués de Coupigny: un francés –asimilado al ejército español—que combate contra los franceses.

Como consecuencia del triunfo en Bailén, San Martín marcha con el ejército de Andalucía hacia Madrid. Los españoles recuperan su capital y José I huye a Vitoria.

El desempeño de San Martín en Bailén le vale el ascenso a Teniente Coronel Graduado de Caballería y una medalla de oro.

Napoleón lanza una nueva ofensiva, conducida por él mismo, y el 3 de diciembre hace su entrada triunfal en Madrid.